Par défaut, tous les logiciels prennent en charge plusieurs extensions de fichiers. ImageJ prend en charge au moins 4 extensions de fichiers différentes. Les fichiers de base pris en charge par ImageJ sont .LIF. Cependant, toutes les extensions répertoriées dans la liste ne sont pas toujours utilisées pour enregistrer les effets du travail dans ImageJ. Très souvent, les fichiers avec de telles extensions sont utilisés comme fichiers de données source utilisés par ImageJ.
ImageJ peut être utilisé pour convertir des formats de fichier entre les extensions de fichier répertoriées ci-dessous. Vous pouvez ouvrir un fichier avec l’une des extensions de fichier ci-dessous via ImageJ et essayer de l’enregistrer dans un autre format de fichier, également pris en charge par ImageJ.