Par défaut, tous les logiciels prennent en charge plusieurs extensions de fichiers. Cygwin prend en charge au moins 47 extensions de fichiers différentes. Les fichiers de base pris en charge par Cygwin sont .10NV. Cependant, toutes les extensions répertoriées dans la liste ne sont pas toujours utilisées pour enregistrer les effets du travail dans Cygwin. Très souvent, les fichiers avec de telles extensions sont utilisés comme fichiers de données source utilisés par Cygwin.
Cygwin peut être utilisé pour convertir des formats de fichier entre les extensions de fichier répertoriées ci-dessous. Vous pouvez ouvrir un fichier avec l’une des extensions de fichier ci-dessous via Cygwin et essayer de l’enregistrer dans un autre format de fichier, également pris en charge par Cygwin.